De acordo com o documento, a Procuradoria da República da Bahia analisa a conversão da licença ambiental do Estaleiro São Roque do Paraguaçu para finalidade distinta da originalmente aprovada no processo de licenciamento e a fragmentação do licenciamento dos canteiros de obra situados nos municípios de Maragogipe, Salvador e Vera Cruz.

A jurisprudência e a doutrina ambiental vedam o fracionamento de licenças ambientais em grandes projetos de infraestrutura. A fragmentação do processo em licenças menores impede a avaliação global e cumulativa dos impactos ambientais e sociais na região atingida (Baía de Todos-os-Santos e Recôncavo Baiano).

A instauração do inquérito leva em consideração a função institucional do MPF, considerando que novas diligências investigatórias se fazem necessárias para a completa elucidação dos fatos e a deliberação acerca de eventual ajuizamento de ação civil pública, requerendo a anulação dos licenciamentos fracionados e paralisação de obras ou arquivamento, caso as diligências comprovem a regularidade e a conformidade legal dos procedimentos adotados.